Nasza szkoła tradycyjnie zwana od początku jej istnienia "TRÓJKĄ", została powołana do życia w dniu 28 sierpnia 1960 roku jako Szkoła Podstawowa Nr 3 im. Ludwika Waryńskiego w Skoczowie.

Budowa i powstanie nowej placówki oświatowej, wynikało z potrzeb rozwoju naszego miasta i stale zwiększającej się liczby uczniów. Na lokalizację wybrano szybko rozbudowującą się dzielnicę "Zabawa", po prawej stronie Wisły. Prace rozpoczęto w 1958 roku a ukończono w 1960 roku. Szkoła była 7- klasowa, a stanowisko kierownika objął Antoni Ferfecki.

Nowy rok szkolny 1960/61 rozpoczęło 308 uczniów, uczących się w 9 oddziałach, zaś grono pedagogiczne stanowili:
Ferfecki Antoni - kierownik szkoły
Danel Augustyn
Ludwik Kantor
Santarius Helena
Dobrucka Janina
Czyż Emilia
Tarnawska Zofia
Nalepa Anna.
Od 1966 - 1972 roku stanowisko kierownika szkoły pełnił mgr Jan Kobiela.

Styczeń 1973 roku przyniósł zmiany w organizacji pracy tutejszej szkoły. Utworzone zostały Zbiorcze Szkoły Gminne i Szkoła Podstawowa Nr 3 stała się Szkołą Zbiorczą.
Dyrektorzy Zbiorczej Szkoły Gminnej w Skoczowie:
01.1973 - 08.1973 mgr Aniela Tobiasiewicz
09.1973 - 01.1978 mgr Jerzy Czyż
02.1978 - 12.1980 mgr Zygmunt Janowski
01.1981 - 08.1983 mgr Rudolf Machej
09.1983 - 08.1984 mgr Rudolf Fober

W roku 1984 nastąpiło rozwiązanie szkół zbiorczych i dyrektorem Szkoły Podstawowej Nr 3 im. Ludwika Waryńskiego została mgr Danuta Wójcik, która pełniła tę funkcję do końca sierpnia 1995 roku.
Z uwagi na trudne warunki lokalowe w 1980 roku ukończono nadbudowę drugiego piętra szkoły i oddano do użytku.
Od 1 września 1989 roku do budynku przy ulicy Bielskiej zostały przyjęte klasy I Liceum Ogólnokształcącego i tym samym otwarto filię LO im. A. Osuchowskiego w Cieszynie.

W 1990 roku dyrekcja szkoły podjęła starania o przekazanie na potrzeby "TRÓJKI" byłej siedziby Obrony Cywilnej przy ul. Osiedlowej 1. Wkrótce potem rozpoczęty został remont, mający na celu zaadoptowanie pomieszczeń hotelowych na sale lekcyjne.

11 października 1991 roku odbyło się uroczyste przekazanie Szkole Podstawowej Nr 3 budynku po byłym OC. Naukę rozpoczęły tu dzieci klas II i III, które miały do dyspozycji wówczas: 4 sale lekcyjne, świetlicę, 2 salki katechetyczne, salkę gimnastyczną, szatnię. Zastępcą dyrektora ds. nauczania początkowego była wówczas Krystyna Bronowska.

Z dniem 1 września 1992 roku został utworzony Zespół Szkół Ogólnokształcących, w skład którego wchodziły: Liceum Ogólnokształcące i Szkoła Podstawowa Nr 3. Zespół liczył 822 uczniów, z czego 31 oddziałów na ogólną liczbę 36, stanowiły dzieci i młodzież szkoły podstawowej.

Od września 1992 roku do remontowanego jeszcze budynku przy ul. Osiedlowej dołączyło 5 klas pierwszych, a liczba sal lekcyjnych wzrosła do 7. Warunki pracy były bardzo trudne!

Po zakończeniu prac adaptujących pomieszczenia hotelowe na sale lekcyjne w 1993 roku, ich liczba wzrosła do 16 i tak jest do dzisiaj. Oddano też do użytku dwie salki gimnastyczne. Od września 1993 roku do szkoły przy ul. Osiedlowej zostały przeniesione z budynku przy ul. Bielskiej - klasy czwarte, a w następnych latach piąte i szóste.

Gdy 1 stycznia 1995 roku rozwiązano Zespół Szkół Ogólnokształcących i powstały dwie odrębne szkoły: Szkoła Podstawowa Nr 3 i Liceum Ogólnokształcące, dyrektorem "Trójki" z nowym rokiem szkolnym 1995/96 został Antoni Zacharjasiewicz, a wicedyrektorem mgr Kalina Stefaniak. Klasy I-VII mieściły się w budynku przy ul. Osiedlowej, zaś klasy VIII do 1997 roku uczęszczały do szkoły przy ul. Bielskiej 34.

W roku szkolnym 1996/97 w " Trójce" utworzono 31 oddziałów i powiększono skład dyrekcji o drugiego wicedyrektora, którym została mgr Małgorzata Jasionowicz.

W pierwszym półroczu 1998 roku rozpoczęto przebudowę kuchni i świetlicy szkolnej. Od 1 września 1998 roku uczniowie mogli już w SP3 spożywać obiady.

Po odejściu na emeryturę dyrektora Antoniego Zacharjasiewicza placówką kieruję od 1 listopada 1998 roku mgr Małgorzata Jasionowicz a wicedyrektorem została mgr Maria Sobik.

We wrześniu 2000 roku wykonano ocieplenie budynku szkolnego i nową kolowową elewację.

Rok szkolny 2000/2001 był dla nas jubileuszem 40-lecia istnienia Szkoły Podstawowej Nr 3 w Skoczowie, który bardzo uroczyście obchodziliśmy.

Po raz pierwszy w kwietniu 2002 roku nasi szóstoklasiści poddani zostali egzaminowi kompetencyjnemu. Uzyskali dobre wyniki.

W dniu 3 czerwca 2003 roku zorganizowano I Szkolną Olimpiadę Sportową, w której wzięli udział uczniowie wszystkich klas. Nad sprawnym przebiegiem czuwali nauczyciele wychowania fizycznego oraz pozostali nauczyciele.

W październiku 2003 roku wydano pierwszy numer szkolnej gazetki "Wrzuć Trójkę", którą zredagowali uczniowie klas IV-VI pod opieką mgr Agnieszki Krysty.

W roku szkolnym 2003/2004 do 19 oddziałów naszej szkoły uczęszczało 362 uczniów, a kadra pedagogiczna liczyła 34 nauczycieli.

Uchwała Rady Pedagogicznej z czerwca 2004 roku o nadaniu Szkole Podstawowej Nr 3 imienia Jana Pawła II, rozpoczęła starania o zorganizowanie uroczystego nadania imienia szkole. Dnia 29 grudnia 2004 roku radni miasta Skoczowa, na podstawie wspólnego wniosku: Dyrekcji Szkoły, Rady Pedagogicznej, Samorządu Uczniowskiego i Zarządu Rady Rodziców, podjęli uchwałę o nadaniu Szkole Podstawowej Nr 3 imienia Jana Pawła II. Powołany został komitet organizacyjny, który rozpoczął przygotowania do uroczystego nadania imienia szkole.

W dniu 18 maja 2005 roku szkoła otrzymała imię wielkiego Polaka Jana Pawła II. Uroczystość ta połączona była z obchodami 45-lecia istnienia SP3 w Skoczowie i 10. rocznicy pobytu Papieża - Polaka na ziemi skoczowskiej. Po kilkunastu latach istnienia szkoły bez imienia, SP3 otrzymała imię nowego patrona.

Podczas uroczystości poświęcony został szkolny sztandar, wyhaftowany w Pracowni Szat Liturgicznych w Piekarach Śląskich. Zakup sfinansowano dzięki wsparciu życzliwych ludzi. Widnieją na nim słowa Jana Pawła II: "To jest Wasza Ojczyzna. Wasze być i Wasze mieć". Przy wejciu do budynku szkoły odsłonięto pamiątkową tablicę zaprojektowaną przez pana Ludwika Heroka a wykonaną przez pana Faranę z Dolnego Boru. Znajduje się na niej cytat: "Musicie od siebie wymagać, nawet gdyby inni od Was nie wymagali".

W ostatnich latach zmieniło się oblicze samego budynku szkoły. Wykonano szereg prac, np. założono radiowęzeł szkolny, wykonano boksy w szatniach dla każdej klasy, urządzono klasę muzyczną, pokój dla nauczycieli. Wymieniono też podłogi we wszystkich klasach lekcyjnych i na korytarzach, urządzono klasopracownie przedmiotowe, a od września 2004 roku uruchomiono, dzięki staraniom dyrekcji szkoły, nowoczesną pracownię komputerową.

W marcu 2005 roku otwarta została, z inicjatywy kol. Jolanty Raszyk, szkolna izba regionalna. Zorganizowanie jej było możliwe dzięki wsparciu rodziców naszych uczniów, którzy przekazywali eksponaty i rodzinne pamiątki; dyrekcji szkoły, która udostępniła pomieszczenie oraz woźnym, wykonującym niezbędne prace. Należą się im wszystkim wyrazy szczególnego podziękowania za życzliwość i pomoc.